Aunque existen estudios que apuntan a la existencia de vestigios prehistóricos en Alfauir, la cerámica aparecida muestra una ocupación en época ibérica. Es en época romana cuando aparecen restos que atestiguan la ocupación de la zona, con vestigios de una probable Villa Romana adosada al Camino Real de Xàtiva (vía de origen romano que unía ´Dénia y Xàtiva), ya empleado en el siglo I a.C. Tras estos indicios, su historia se encierra en un largo silencio documental hasta el siglo XI, momento en el que se asienta una alquería morisca y se construye el castillo musulmán, que corona el pueblo en su parte oriental, dependiente del alcayd del cercano castillo de Bayren.

La conquista cristiana del territorio (siglo XII) llevará a la pequeña alquería de 25 casas a manos de Pere de Vilaragut, que la recibe de manos del rey Jaume Ien 1249, que ostenta el señorío territorial y jurisdiccional del término. Será con la fundación del monasterio de San Jerónimo de Cotalba cuando, en 1388, cambie la jurisdicción al cenobio hasta el momento de su desamortización, en 1835. La desamortización del monasterio supone la desaparición de la comunidad de

monjes.